Рутокен представляет собой малогабаритное устройство в виде брелка с USB-интерфейсом и может использоваться в приложениях, где ранее применялись пароли, смарт-карты и другие идентификаторы. Он обладает всеми свойствами смарт-карт и обеспечивает надежность, простоту и безопасность процесса аутентификации. Однако в отличие от смарт-карт, Рутокен не требует применения специальных считывателей (ридеров), что делает его доступным для самого широкого круга пользователей.
Поддержка промышленных стандартов (ISO/IEC 7816, PC/SC, PKCS #11, Microsoft Crypto API, Microsoft Smartcard API) позволяет встраивать Рутокен в программное обеспечение и готовые приложения. Важнейшим отличием Рутокен от большинства представленных на рынке импортных идентификаторов является аппаратная реализация российского стандарта шифрования по ГОСТ 28147-89, что позволяет применять идентификаторы Рутокен в системах информационной безопасности в соответствии с российским законодательством. Сейчас Рутокен проходит сертификацию как средство криптографической защиты информации. Розничная цена одного идентификатора — около 20 долларов.