В идентификаторе Рутокен реализована файловая система организации и хранения данных с учетом требований ISO 7816. Он обладает всеми свойствами смарт-карт, обеспечивает надежную, простую и безопасную аутентификацию, но не требует, как смарт-карты, применения специальных считывателей (ридеров), что делает его доступным для самого широкого круга пользователей.
Поддержка отраслевых стандартов (ISO/IEC 7816, PC/SC, PKCS #11, Microsoft Crypto API, Microsoft Smartcard API) позволяет легко встраивать Рутокен в популярное программное обеспечение и готовые приложения. Важным отличием от большинства представленных на рынке идентификаторов зарубежного производства является аппаратная реализация российского стандарта шифрования по ГОСТ 28147-89, обеспечивающая применение этих устройств в системах информационной безопасности в соответствии с российским законодательством.
Рутокен предназначен для аутентификации пользователей при доступе к секретной информации, безопасного хранения паролей, ключей шифрования, цифровых сертификатов и данных пользователей. В комплексе с другими программными и аппаратными средствами он способен решать проблемы авторизации и разделения доступа в сетях, контролировать доступ к защищенным информационным ресурсам, обеспечивать необходимый уровень безопасности при работе с электронной почтой, хранить пароли и ключи шифрования и т. д.