Программное обеспечение Рутокен для Linux и других операционных систем семейства *nix представляет собой расширение OpenSource-проектов OpenCT и OpenSC. Исходные тексты разработки выложены в открытом доступе, благодаря чему Рутокен может применяться практически во всех дистрибутивах Linux, FreeBSD и других проектах, в которых используются OpenCT и OpenSC. Кроме того, реализована поддержка Рутокен в браузере Mozilla Firefox и программе работы с электронной почтой Mozilla Thunderbird, работа Рутокен в этих приложениях осуществляется на уровне OpenSC.
Электронный идентификатор Рутокен — это компактное устройство в виде USB-брелка, которое служит для авторизации пользователя в сети или на локальном компьютере, защиты электронной переписки, безопасного удаленного доступа к информационным ресурсам, а также надежного хранения персональных данных.
Рутокен заменяет любые парольные системы защиты и позволяет избежать запоминания логинов и сложных паролей, поскольку все они надежно хранятся в памяти токена. Все, что должен сделать пользователь — подключить токен к USB-порту и набрать PIN-код. Главным отличием Рутокен от зарубежных аналогов является аппаратно реализованный российский стандарт шифрования — ГОСТ 28147-89.